全館以木質教育為主題，曲面牆玻璃外觀，不僅為金門首創，更將林務所發展方向，由傳統保林、育林，推展至更貼近生活的木育感官新境界。館內分為三個區域，分別為傳統聚落區、樹木故事屋及積木遊藝區。其中傳統聚落區有兩組大型積木古厝，是金門首創傳統閩南式的一落二櫸頭古厝之模型，每一塊大積木需要大人及小孩同心協力共同組裝，組建積木的過程中，不僅可以認識金門在地傳統古厝的基本結構及名稱，也能增進參與學童思考討論及互相分工合作的觀念。 樹木故事屋，蒐集有關木育、生態相關的童書及工具書，以沐浴在森林中享受閱讀的設計理念，另一旁之小樹洞則創造舒適、靜謐的祕密基地，就像是在傾聽大自然森林的祕密。 積木遊藝區則是一個多功能的開放空間，獨創的曲面投影幕、組合桌椅櫃及超過五十組以上木製遊具，採開放性玩法，激發參與孩童的想像力、創造力和解決問題的能力；木材溫潤的觸感，讓民眾在體驗中接觸木育，認識木育。